Harmonisation des tests pour détecter les organismes nuisibles aux végétaux

L’objectif de Valitest était d’améliorer les outils de diagnostic des organismes nuisibles aux végétaux : bactéries, virus, nématodes ou champignons. Cette détection est essentielle pour mettre en place des actions contre ces organismes le plus tôt possible afin de limiter les dégâts sur les végétaux mais aussi d’éviter leur dispersion dans l’environnement. Coordonné par l’Anses, ce projet a réuni 16 partenaires européens : des organismes de recherche, des entreprises productrices de kits de diagnostic ainsi que l’Organisation européenne et méditerranéenne pour la protection des plantes (OEPP). Débuté en mai 2018, Valitest a été financé par le programme de recherche et d'innovation Horizon 2020 de l'Union européenne.

La fiabilité de tests de diagnostic évaluée

Le cœur du projet était la validation des tests de détection des organismes nuisibles. En effet, aujourd’hui ces tests sont validés uniquement par la société qui les produit ou par un seul laboratoire. Il est donc nécessaire de mettre en place une validation inter-laboratoires des tests pour s’assurer de leur fiabilité et connaître leurs caractéristiques de performances (sensibilité, spécificité). Une grande part du projet a donc consisté à mener des essais inter-laboratoires pour valider les tests disponibles.

La performance de 83 tests, destinés à détecter 11 organismes nuisibles a été évaluée. « Il n’y a pas nécessairement de test idéal. Par exemple, pour une analyse de première intention, on pourra privilégier un test sensible mais peut-être moins spécifique, qui détecte bien le pathogène recherché mais pourrait donner de faux positifs. La présence de ce pathogène sera alors confirmée par un second test. », explique Mathieu Rolland, chef adjoint de l’unité Coordination de la référence, au laboratoire Santé des végétaux de l’Anses.

Des producteurs aux utilisateurs de kits de tests

Le projet Valitest s’est aussi intéressé aux études statistiques nécessaires pour valider ces outils de diagnostic, à la qualité et l’harmonisation des matériaux de référence utilisés pour évaluer les tests, à l’évaluation de l’aptitude des laboratoires à utiliser les tests de diagnostic ainsi qu’à l’identification des attentes des utilisateurs de tests, de leurs producteurs et des services à qui les résultats de ces diagnostics sont destinés. Ce dernier point a contribué au choix des organismes nuisibles pour lesquels une évaluation de tests de diagnostic a été effectuée.

Le projet a également permis de mettre en place l’association européenne de l'industrie du diagnostic des plantes. Elle aura pour vocation de réunir les producteurs de kits de diagnostic, afin d’harmoniser la qualité et les performances des tests produits et d’échanger avec les parties prenantes et les décideurs publics.

Les résultats du projet vont notamment servir aux laboratoires nationaux et européens de référence sur les organismes nuisibles aux végétaux. Ceux-ci sont garants de la qualité des analyses effectuées pour surveiller les organismes réglementés.

Un ouvrage sur la méthodologie employée pour valider les tests de diagnostic est en cours de préparation (Critical points of TPS organization in microbiology, case study: Plant pathogens in Book Series Plant Pathology in the 21st Century - Springer Publisher - publication prévue fin 2021).